Aquí voy a poner información sobre los bosses de este juego.
Braaz, es una especie de mago que habita en el Templo del Fuego, situado en Isla del Fuego, siendo a su vez el jefe del Templo y el primer jefe del juego al que Link deberá hacer frente. Es el causante de las continuas erupciones del volcán de Isla del Fuego y su misión es la de proteger el sello que mantiene prisionero a Leaf, el Espíritu del Poder, y evitar que éste sea liberado.
Ciclóctopos, es el jefe del Templo del Viento, la segunda mazmorra de The Legend of Zelda: Phantom Hourglass. Es un enemigo con forma de pulpo que va volando por encima. Al ser derrotado, liberará a Neri, el Espíritu de la Sabiduría.
Crustanos, es un crustáceo gigante con un gran caparazón que habita en el Templo del Valor. Su misión es la de proteger el sello que mantiene prisionero al Espíritu del Valor, Ciela. Sin embargo Ciela fue capaz de esquivar el ataque y partió su alma al escapara, de forma que sus poderes espirituales fueron sellados por Crustanos.
Las Hermanas Cubus son cuatro hermanas malvadas que protegen el Barco Fantasma desde dentro y tienen a Tetra encerrada. Link tiene que encontrar a todas las hermanas para luchar contra ellas, o como ellas dicen, jugar un partido de Voleibol Infernal. A simple vista parecen encantadoras y piden a Link que las libere de sus celdas, además, mientras piensas que son prisioneras, suelen darte consejos erróneos, como no disparar a los Erróbitos por detrás, lo cual en realidad los aturde unos segundos. Y una de ellas le dice que abra un cofre en el que se encuentran 10 Rupobres y, luego aparecerá un Erróbito. Al derrotarlas le darán a Link la Llave Fantasma.
Dongorongo es el jefe del Templo Goron, en Isla Goron. Es un Dodongo que aparece en The Legend of Zelda: Phantom Hourglass. Al derrotarlo, tendrás acceso a una pequeña sala donde se encuentra un metal puro: la Bermellina.
Griock, es el jefe del Templo del Hielo en The Legend of Zelda: Phantom Hourglass. Este dragón tiene dos cabezas, una de hielo y otra de fuego. Después de que derrotes ambas cabezas, Link ganará uno de los metales puros: la Azurina.
Eox es el jefe del Templo de Muto en The Legend of Zelda: Phantom Hourglass. Es una especie de soldado mecánico de gran tamaño. Es el enemigo más grande de todo el juego. Se muestra inicialmente como un gigante de roca dura a modo de exoesqueleto, cubriendo su estructura interna de madera, con diversas marcas rojas distribuidas por todo su cuerpo. Al derrotarlo aparecen unas escaleras ocultas que llevan a la sala donde se encuentra el espíritu del rey Muto. Este le agradece a Link que haya terminado con Eox, confiándole la Aquanina, para que la Espada del Más Allá pueda ser forjada y poder derrotar entonces con ella al malvado Bellum.
Bellum, es el principal antagonista de The Legend of Zelda: Phantom Hourglass. Es un demonio que absorbe la energía vital de los seres vivos, el cual ha atacado el Mundo del Rey del Mar. Bellum es una criatura gigantesca y malévola que posee múltiples ojos oscuros, con un globo ocular principal existente en la cavidad bucal. Cada tentáculo también soporta un ojo pequeño. También es uno de los poco villanos que no cuenta con una sola línea de diálogo. Al derrotarlo en el Templo del Rey del Mar, Tetra recupera la conciencia, pero Bellum reaparece y se la lleva al Barco Fantasma.
El Barco Fantasma es la segunda fase del jefe final de The Legend of Zelda: Phantom Hourglass. Después de que Link haya vencido a Bellum en el Templo del Rey del Mar, este enemigo raptará a Tetra y se irá al Barco Fantasma. Para derrotar al barco, Link deberá destrozar los ojos que sobresalen de él. Bellum responderá sus ataques disparando bolas de energía moradas contra el S.S. Linebeck. Después de destruir el último ojo, el barco se hará pedazos.
Bellumbeck es el enemigo final de The Legend of Zelda: Phantom Hourglass. Cuando Linebeck utiliza la Espada del Más Allá para atacar a los tentáculos de Bellum, que habían capturado a Link y Tetra, la criatura se engancha en la espalda de Linebeck. La oscuridad se reúne alrededor de ellos y la piel de Linebeck se vuelve púrpura, tomando la forma de un Espectro gigante. Al derrotarlo, Bellum es derrotado para siempre, libera a Linebeck y todo el poder del Rey del Mar que vuelve a su forma original. También Tetra y Link quedan vagando a la deriva y su primer barco aparece y les recoge.
Este es Bellum.
Este es Linebeck. 
Los tres espíritus (Ciela el amarillo) 
Siwan, en su forma humana
Siwan en su forma del Rey del Mar.